君山区人民检察院成立于1997年5月，由原茅斯铺地区检察院（岳阳市院派驻岳阳监狱分院）成建制划归过来，当时只有19人，1998年3月又从岳阳楼区检察院分流过来12人，1999年和2000年原君山农场和钱粮湖农场撤场建镇并区，又将两个农场检察室合并过来。司法体制和内设机构改革后，君山区人民检察院共有内设科室5个，其中业务部门3个（第一检察部、第二检察部、第三检察部），综合部门2个（办公室、政治部），按章程设置工会和机关党总支。2023年以来，君山区人民检察院共有中央政法专项编制31个，工勤编制1个。目前政法专项编在编人员共28人，空编3个,工勤编制在编1人。其中员额检察官10人（2022年新增配置1个），检察官助理7人，司法行政人员7人，司法法警3人，工勤人员1人，聘用制书记员及司法文员19人，驾驶员5人（含签订无固定期限劳动合同工人1人），退休人员16人。现有党组班子成员4人，其中检察长1人，副检察长2人（党外副检察长1人），党组成员、政治部主任1人，检察委员会专职委员空缺。

君山区人民检察院先后被评为“全省先进基层检察院”“湖南省文明单位”“湖南省园林式单位”“档案规范化管理省特级”等荣誉；2010-2017年连续两届被评为全国检察机关“文明接待室”，2016年获评“全省检察机关纪检监察工作先进基层院”“全市先进基层检察院”，2017年获评全省“读书风气最盛检察院”“检察服务大厅建设示范院”，2018年被区直机关工委评为“区直机关党建工作示范单位”，多次被评为“全区综合绩效考核先进单位”。2019年来，1案被农业农村部列为首批10起长江流域重点水域违法捕捞典型案例，1案被最高人民法院列为10个长江流域水生态司法保护典型案例，1案被省检察院作为典型案例刊发推介，1案被最高人民检察院服务保障长江十年禁渔通报引用并入选最高人民检察院“我为群众办实事”之依法惩治长江流域非法捕捞水产品犯罪典型案例第一例；在全省率先创建生态修复公益林基地，建立生态损害赔偿基金；扫黑除恶专项斗争中，在省、市院获评1个先进集体、1起优秀案件、3名先进个人、2人二等功。 2022年获评“2022年度全省先进基层检察院”“2022届湖南省文明单位”。2023年获评“优秀驻区单位”“君山区文明创建先进单位”。