君山区人民检察院成立于1997年5月，由原茅斯铺地区检察院（岳阳市院派驻岳阳监狱分院）成建制划归过来，当时只有19人，1998年3月又从岳阳楼区检察院分流过来12人，1999年和2000年原君山农场和钱粮湖农场撤场建镇并区，又将两个农场检察室合并过来。内设机构改革以来，我院现有政法专项编制31个。院领导班子成员4人，其中检察长1人、副检察长2人（含党外副检察长1人）、党组成员、政治部主任1人，其他在职在编干警24人；聘用制书记员9人、其他聘用人员15人，实际在岗人数52人。内设机构5个，设办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部（含法警大队）。

君山区人民检察院先后被评为“全省先进基层检察院”“湖南省文明单位”“湖南省园林式单位”“档案规范化管理省特级”等荣誉；2010-2017年连续两届被评为全国检察机关“文明接待室”，2016年获评“全省检察机关纪检监察工作先进基层院”“全市先进基层检察院”，2017年获评全省“读书风气最盛检察院”“检察服务大厅建设示范院”，2018年被区直机关工委评为“区直机关党建工作示范单位”，多次被评为“全区综合绩效考核先进单位”。2019年来，1案被农业农村部列为首批10起长江流域重点水域违法捕捞典型案例，1案被最高人民法院列为10个长江流域水生态司法保护典型案例，1案被省检察院作为典型案例刊发推介，1案被最高人民检察院服务保障长江十年禁渔通报引用并入选最高人民检察院“我为群众办实事”之依法惩治长江流域非法捕捞水产品犯罪典型案例第一例；在全省率先创建生态修复公益林基地，建立生态损害赔偿基金；扫黑除恶专项斗争中，在省、市院获评1个先进集体、1起优秀案件、3名先进个人、2人二等功。 2022年获评“2022年度全省先进基层检察院”“2022届湖南省文明单位”。